Kompenzacioni fond je osnovan u decembru 2009. godine. Njegovo osnivanje i rad su predviđeni Zakonom o javnim skladištima za poljoprivredne proizvode. Uloga Kompenzacionog fonda u sistemu javnih skladišta jeste da garantuje kvalitet i kvantitet uskladištene robe.
U slučaju štete nad uskladištenom robom, ukoliko štetu ne isplati javno skladište, to će učiniti Kompenzacioni fond. Na taj način, deponenti-poljoprivredni proizvođači znaju da u svakom trenutku mogu podići iz skladišta robu u količini i kvalitetu, koji su navedeni na robnom zapisu.
U slučaju štete, Kompenzacioni fond isplaćuje štetu iz sredstava, koja dolaze iz budžeta, od uplaćenih godišnjih članarina javnih skladišta i iznosa, koja javna skladišta uplaćuju Kompenzacionom fondu, za svaku uskladištenu tonu robe.